第一税务分局（重点税源企业税收服务和管理局）

承担组织实施大企业税收服务和管理工作；承担大企业数据采集、风险应对工作。

第二税务分局

承担组织实施进出口税收管理工作，对进出口税收具体业务问题进行解释和处理；参与海关特殊监管区域税收管理工作；承担出口退税工作。

第三税务分局（办税服务厅）

承担组织实施管辖企业的各项税收、社会保险费征收管理；承担面向纳税人和缴费人的纳税辅导、咨询服务、办税服务、权益保护等工作。

第四税务分局（税收风险管理局）

承担组织实施信息数据和风险管理工作；承担各类税收数据、社会保险费和有关非税收入数据的集中管理与分析应用。

稽查局

承担组织实施税务稽查法律法规、规章及规范性文件；承担案源管理、税务稽查工作；组织查办督办税收重大违法案件。

第一稽查局

承担市税务局列名大企业的税务稽查、税收高风险事项应对和协查等工作；承担崇川区、海门区、启东市、南通经济技术开发区、通州湾江海联动开发示范区区域内税收、社会保险费和有关非税收入违法案件的查处以及查办案件的执行工作。

第二稽查局

承担市税务局列名大企业的税务稽查、税收高风险事项应对和协查等工作；承担通州区、海安市、如皋市、如东县区域内税收、社会保险费和有关非税收入违法案件的查处以及查办案件的执行工作。