办公室（党委办公室）

主要职责：承担机关日常运转，承担文秘、信息、政务公开、会务、信访、机要保密、档案、督查督办等工作；统筹税收宣传工作。承担组织实施绩效管理和数字人事管理工作；承担年度绩效考评工作。

法制科

主要职责：承担组织实施依法行政工作；承担规范性文件合法性审查、合规性评估、备案审查、清理等工作；组织协调重大税务案件审理；组织办理行政复议、行政诉讼等事项；承担组织实施税收、社会保险费和有关非税收入的执法督察；组织实施预算执行、基本建设、政府采购等内部财务审计。

税政科

主要职责：负责组织实施增值税、消费税、车辆购置税、企业所得税、个人所得税、房产税、城镇土地使用税、土地增值税、契税、城市维护建设税、印花税、资源税、环境保护税、车船税、耕地占用税、烟叶税和进出口税收等管理工作，拟订具体实施办法；承担相关税种具体业务问题的解释和处理；承担组织实施国家（地区）间税收条约（安排）；承担跨境税收管理工作；组织实施反避税工作；负责外事管理。

社会保险费和非税收入科

主要职责：承担组织实施基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费和有关非税收入征收管理工作；参与有关社会保险费及非税收入征收的政策辅导、咨询服务、法律救济等工作。

收入核算科

主要职责：承担研究拟订本单位税收、社会保险费和有关非税收入中长期规划，参与拟订预算目标任务并依法组织实施；承担统筹协调组织收入工作，开展收入预测分析、预警分析和收入质量管理。承担组织实施税收经济分析工作；运用税收数据对本地区经济运行情况开展动态监控分析；承担税收政策效应分析工作。

征收管理科

主要职责：承担组织实施税收征管法律法规、规章及规范性文件；承担税务登记、纳税申报、普通发票管理等征管工作；组织实施信息化建设工作。

税收风险管理局

主要职责：承担组织实施信息数据和风险管理工作；承担各类税收数据、社会保险费和有关非税收入数据的集中管理与分析应用。

财务管理科

主要职责：承担组织实施预决算、基建、会计核算、财务内控和政府采购、固定资产等工作。

组织人事科

主要职责：承担负责组织实施干部人事制度及人才队伍建设；承担人事、机构编制、干部考核、劳动工资等工作；承担教育培训工作；承担老干部的服务和管理工作。

机关党委（党建工作科）

主要职责：协助局党委落实全面从严治党主体责任；督促本单位各级党组织落实管党治党责任，宣传和执行党的路线方针政策；组织实施机关党建和党风廉政建设工作；承担机关党员教育、管理、监督和服务工作。

根据有关规定，设置党委纪检组，名称为“中共国家税务总局张家港保税区税务局委员会纪律检查组”。承担机关和派出机构党的纪律检查工作。