农民专业合作社是促进农业发展的重要力量，其涉税管理问题不容忽视。税务部门应加强对农民专业合作社的日常监管和评估工作，建立健全长效管理机制，促进其健康稳定发展。

通过约谈、实地走访，笔者了解到大多数农民专业合作社的生产经营流程是社员自行采购种苗、种植养殖后通过合作社实现对外开票销售。农民专业合作社涉及的增值税政策有：对农民专业合作社销售本社成员生产的农产品视同农业生产者销售自产农产品免征增值税；从农业生产者处购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额，加工、生产13%税率货物的纳税人按照10%的扣除率计算进项税额。

农产品增值税税收政策特点为“前免后抵、自开自抵”。一些农民专业合作社在完全无进项或仅有极少进项的情况下，向下游企业大量开具农产品销售增值税普通发票。加强合作社规范化管理，迫在眉睫。

借助行业协会，引导合作社规范建账立册。依托当地成立的农民专业合作社联合会等组织，由协会聘用专职会计的合作社日常会计账务处理较其他合作社规范。建议通过协会对辖区内合作社进行会计账务处理培训，明确核算流程和凭证使用规则，规范合作社财务行为。同时，根据《农民专业合作社会计制度》的规定，合作社应当为每个成员设立成员账户，记载成员与本社的交易量（额）、本社对该成员的盈余返还和剩余盈余分配情况。农民专业合作社要加强自身的建设，最重要的一条就是做好两次分配。合作社要实现真正的运转，而非开票的空壳。

用好税收政策，解决经纪人开票问题。根据《财政部 国家税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》（财税〔2017〕37号）规定：一般纳税人从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。建议农产品经纪人、代理人成立个体工商户，在销售外购农产品时开具3%税率的增值税专用发票。实现自然人销售—经纪人购买—经纪人销售环节开具3%专用发票—合作社购买—合作社销售开具9%税率的增值税专用发票的业务流程，既能解决合作社外购农产品对外销售时无进项发票的难题，又能有效降低合作社将外购农产品错误适用免税政策的风险。同时，合作社应将社员自产和非自产分开核算，对自产农产品开具农产品免税发票，非自产农产品开具征税发票。

落实精确执法，推动解决涉税难题。全面梳理涉农税收政策、编制业务手册、制作培训材料、开展内外部涉农政策培训，避免因对政策理解和掌握不一致导致的过度执法或随意执法。做好身份标签化管理、土地信息采集，以实际拥有土地、水域作为合作社自产能力的基础，将土地租金、运输、销售资金回笼、两次分配最终流入社员形成的资金闭环作为突破口，打破难以核实销售业务真实性的困境。关注纳税人反映强烈的涉农政策问题，如对外购花苗木养护一段时间后再出售，是否仍属于自产农产品等争议问题进行深入调研、向上级请示、提出政策优化建议等，及时响应纳税人诉求。

严格发票管理，防范虚开风险。全面推进数电发票，强化身份管理，引导辖区内农产品纳税人使用数电发票，通过标签化管理降低非自产农产品免税发票开具风险。及时更新产能管理系统土地信息，根据亩均销售预警监测开票风险。对合同已到期、不再从事农产品种植养殖的纳税人应及时对其土地信息进行清理；对新增纳税人应根据土地权证信息准确采集土地面积。动态监控辖区内农产品纳税人开票销售情况，对反季节大额销售、同比增幅巨大、短期内大量开票等异常行为及时抓取数据，对疑点纳税人根据管理规定要求其提供农产品生产、销售业务真实性材料，对无法提供材料或所提供材料无法排除风险的采取调整赋额、递进应对、稽查等管理措施。

加强内外部协作，打好管理“组合拳”。加强税政、税源管理、风险应对、纪检部门之间的内部联动，税政部门明确政策和日常管理；税源管理部门根据税政部门提取的疑点数据做好服务和跟踪管理；对风险较大、遵从度较低的纳税人交由风险部门开展风险应对；督审纪检部门对各环节履职尽责情况进行监督，推深做实闭环管理。同时，加强与农业农村局、乡镇、村委的外部协作，利用其更靠近种植养殖户的优势，协同做好农产品税收政策宣传，协调打通征纳双方存在的税收管理堵点，形成促进农产品行业健康发展的合力。