第一税务分局（重点税源企业税收服务和管理局）

主要职责：组织实施大企业税收服务和管理工作；承担大企业数据采集、风险应对工作。

第二税务分局

主要职责：承担车辆购置税、涉房交易税费的征收管理工作。

第三税务分局（税收风险管理局）

主要职责：承担信息数据和风险管理工作；承担各类税收数据、社会保险费和有关非税收入数据的集中管理与分析应用。

稽查局

主要职责：组织、指导、协调和考核全市税务稽查工作；组织查办督办重大税收违法案件及重大社会保险费和有关非税收入违法案件。承担税收违法“黑名单”公布及联合惩戒工作。

第一稽查局

主要职责：承担大企业的税务稽查、税收高风险事项应对和协查工作。负责雨花台区、江宁区、溧水区、高淳区、南京江宁经济技术开发区区域内税收、社会保险费和有关非税收入违法案件的查处以及查办案件的执行工作。

第二稽查局

主要职责：承担大企业的税务稽查、税收高风险事项应对和协查工作。负责玄武区、秦淮区、建邺区、栖霞区、南京经济技术开发区区域内税收、社会保险费和有关非税收入违法案件的查处以及查办案件的执行工作。

第三稽查局

主要职责：承担大企业的税务稽查、税收高风险事项应对和协查工作。负责鼓楼区、浦口区、六合区、南京江北新区区域内税收、社会保险费和有关非税收入违法案件的查处以及查办案件的执行工作。