办公室（党委办公室）

主要职责：承担机关日常运转，承担文秘、信息、政务公开、会务、信访、机要保密、档案、督查督办等工作。统筹税收宣传工作。承担机关后勤事务的管理、保障和服务工作。承担财务管理、考核考评工作。

法制科

主要职责：承担组织实施依法行政工作；承担规范性文件合法性审查、合规性评估、备案审查、清理等工作；组织协调重大税务案件审理；组织办理行政复议、行政诉讼等事项。承担督察内审工作。

税政一科

主要职责：承担增值税、消费税、车辆购置税和进出口税收的征收管理工作，承担相关税种具体业务问题的解释和处理。

税政二科

主要职责：承担组织实施企业所得税、个人所得税、房产税、城镇土地使用税、土地增值税、契税、城市维护建设税、印花税、资源税、环境保护税、车船税、耕地占用税、烟叶税等征收管理工作，对具体业务问题进行解释和处理。承担国际税收管理工作。

社会保险费和非税收入科

主要职责：承担社会保险费和非税收入的管理职责。

收入核算科

主要职责：承担本单位税收、社会保险费和有关非税收入预算目标任务并依法组织实施；承担统筹协调组织收入工作，开展收入预测分析、预警分析和收入质量管理；承担本单位税收经济分析工作。

纳税服务科（办税服务厅）

主要职责：承担组织开展纳税服务（含缴费服务）工作；组织实施面向纳税人、缴费人的税法宣传、纳税辅导、咨询服务、办税服务和权益保护等工作。承担办税服务厅工作。

征收管理科

主要职责：承担组织落实综合性税收征管法律、法规、规章及规范性文件；组织实施税务登记、申报纳税、欠税（费）、普通发票、个体工商户等征管工作；承担各类税收征管信息系统业务维护工作。承担税收风险管理工作。

组织人事科

主要职责：组织落实干部人事制度及人才队伍建设；承担人事、机构编制、干部考核、劳动工资等工作；承担教育培训工作。

税源管理一科至五科

主要职责：承担辖区内纳税人（缴费人）的基础税（费）源管理和低中等风险应对工作。

机关党委（党建工作科）

主要职责：承担机关和派出机构党群工作；统筹承担机关党员教育、管理、监督和服务工作。

老干部科

主要职责：承担老干部的服务和管理工作。

根据有关规定，设置党委纪检组，名称为“中共国家税务总局南京市栖霞区税务局委员会纪律检查组”。承担机关和派出机构党的纪律检查工作。