笔者在工作中遇到一个“多层合伙架构下合伙企业违规注销”的典型案例，这个案例体现出当前合伙企业税收征管在跨区域协同、多层架构穿透、违规注销应对等方面存在一些难点。

某股份企业完成100%股权转让，产生大额财产转让所得。该企业股东中包含一家注册于某省的合伙企业，其持有的企业股权对应的转让收益未计入合伙企业当年所得。随后，该合伙企业未向税务机关结清涉税款项、未完成税收清算，即办理工商注销登记。同时，这家合伙企业存在两名合伙人：一名为自然人合伙人，未就该笔股权转让收益申报缴纳个人所得税；另一名为注册于上海市的合伙企业。

这个案例的特殊性在于“企业股权转让+多层合伙架构+跨区域注册+违规注销”多重因素叠加，涉及的问题主要有：一是多层合伙架构下，自然人合伙人的纳税义务如何穿透认定；二是跨区域监管中，税收管辖权如何划分；三是合伙企业违规注销后，税务机关如何实现对自然人合伙人的有效追缴。

笔者认为，须在现行法律框架下，以“穿透式监管”为核心，明确纳税义务主体与管辖权归属，通过优化跨区域协同机制、简化追缴程序、强化证据固定手段，破解多层架构与违规注销带来的征管障碍。同时，构建“事前防范、事中监管、事后精准追缴”的全链条管理体系。

构建多层架构穿透式核查机制。明确穿透核查标准，税务机关应依据“实质重于形式”原则，要求相关合伙企业提供完整的合伙协议、收益分配方案、财务审计报告，穿透至最终受益人，确认自然人合伙人的实际出资比例和应分配所得额。

优化跨区域征管协同机制。建立专项协查通道，针对跨区域合伙架构的追缴案件，两地税务机关应建立“一案一协查”专项机制，明确协查事项、资料清单和反馈时限，通过全国统一的税收征管信息平台实现电子资料实时共享，减少纸质文件流转耗时。强化协同执法权限，赋予税源所属地税务机关跨区域调查取证权，可直接派人员跨区域核查相关情况，或委托对方代为实施询问、检查等执法行为，明确协作双方的权责划分，避免推诿扯皮。

强化证据固定手段。通过查询已注销合伙企业的银行资金流水、股权转让款收款记录，以及自然人合伙人的个人银行账户资金变动情况，形成资金流向证据链；调取企业股权转让的工商变更登记资料、交易合同等，佐证应税所得的真实性，破解资料缺失难题。

健全政策支撑和执法保障。针对多层合伙架构制定专门的税收征管指引，统一各地执行口径，减少政策模糊地带。

加强事前防范和源头管控。强化注销环节税务审核，对涉及股权处置、大额资产转让的合伙企业注销申请，实施“清税+审计”双重审核，要求企业提交第三方出具的清算审计报告，重点核查是否存在未申报的应税所得。对作为企业股东的合伙企业，建立注销前涉税风险专项筛查机制。开展靶向政策辅导，针对股权投资类合伙企业，开展“先分后税”原则、注销税务流程等专项辅导，明确自然人合伙人的纳税义务和违规注销的法律后果，提升税法遵从度。